In seinem Heimatland steht der Japanische Reisfisch seit 1999 auf der Roten Liste der bedrohten Tierarten. Dort ist seine natürliche Population bedroht aufgrund der Verdrängung durch andere Fischarten, wie zum Beispiel den Gambusen. Gambusen sind eine invasive Fischart in Japan.
Zusätzlich sind die natürlichen Populationen des Medaka bedroht durch entkommene oder ausgesetzte Zuchtformen. Dies als Bedrohung zu bezeichnenn mag abstrakt vorkommen, aber ist doch real. Der Medaka ist seit der Edoperiode domestiziert und es wurden inzwischen Zuchtformen in vierstelliger Anzahl herausgezüchtet, oftmals mit in der Natur nicht vorkommenden Erbanlagen. Wenn sich diese Zuchtformen mit den Wildformen vermischen wird deren natürlicher Genpool langfristig beschädigt.
Als invasive Arten, werden Arten bezeichnet, die gebietsfremd sind und die natürlich vorkommende Tier- und Pflanzenwelt negativ beeinflussen. Dies kann zum Beispiel mittels Nahrungskonkurenz oder